Rurik ailəsindən olmayan ilk rus çarı Boris Godunov, 13 aprel 1605-ci ildə 53 yaşında vəfat etdi. Onun ölümü sirrlərə bürünmüşdür və bu günə qədər tarixçilər ölümünün təbii və ya zorakı olduğunu mübahisə edirlər.
Salnamə sənədləri, ölüm günü Godunovun sağlam göründüyünü, böyük bir iştahla nahar etdiyini və Moskvanı araşdırmağı sevdiyi qalaya qalxdığını göstərir. Sonra xəstələndiyini hiss edərək ondan endi. Çara çağırılan həkim heç nə edə bilmədi, çar qulağından və burnundan qan aldı, tezliklə Godunov getdi.
O anda rus avtokratının sarayında olan İngilis səfiri Tomas Smitin nümayəndələrindən birinin yazdığı kimi, çar mədədə bulantı və ağrıdan əlavə hiss etdi və həkim gəlmədən öldü.
Boris Godunovun qəfil ölümü, mədə ağrıları çarın zəhərləndiyindən şübhələnməyə əsas verir. Onun ölümü, ilk növbədə, qoşunları o dövrdə Moskvaya yaxınlaşan Yalançı Dmitri I tərəfdarlarına faydalı oldu.
İnsanlar arasında çarın özünün xalq arasında populyar olmaması, ölkədəki aclıq və polyakların işğalı səbəbindən bir ümidsizlik içində zəhərləndiyinə dair bir şayiə də yayılmışdı.
Borisin xasiyyətini, xarakterini, hər şeyə hazır olduğu üçün yüksək hakimiyyət arzusunu bilmək (Dəhşətli İvanı zəhərləmək, IV İvanın oğlu Tsarevich Dmitri öldürməklə günahlandırıldı) və əldə etdiyi Fedor İvanoviçin rəhbərlik etdiyi Rusiyanın faktiki hökmdarı, Godunovun intihar versiyasına şübhə edə bilərsiniz. Rus xalqı, onun çar haqqında düşündüyü kimi, çox güman ki, avtokrata biganə qaldı. Polşaların ölkə daxilində irəliləməsi çarları da qorxuda bilmədi, çünki rus tarixində daha da pis dövrlər olmuşdu, məsələn, monqol-tatarların Rusiyaya hücumunu xatırlayaq.
Unutmaq lazım deyil ki, Godunov son vaxtlar tez-tez xəstələnirdi və ölümü avtokratın uzun bir xəstəliyinin nəticəsi ola bilər.
